Κατά την πρώτη ανασκαφική περίοδο (Αύγουστος 2006), διερευνήθηκε επιφανειακά ένα μεγάλο τμήμα της ευρύτερης περιοχή της Κυμισάλας, με κέντρο το λόφο του Αγ. Φωκά, από τον οικισμό της Γλυφάδας στα βόρειο-ανατολικά, μέχρι τον λόφο των Βασιλικών στα δυτικά, όπου βρίσκονται διάσπαρτες ορατές αρχαιότητες. Παράλληλα έγιναν οι πρώτοι καθαρισμοί στην ακρόπολη του Αγίου Φωκά στον ανασκαμμένο, από τους Ιταλούς, ναό της ακροπόλεως, του οποίου και αποσαφηνίστηκαν τα όρια. Καθαρισμοί πραγματοποιήθηκαν επίσης στα ορατά τμήματα των τειχών, οι οποίοι συντέλεσαν στην απόκτηση σαφέστερης εικόνας του χώρου. Χαράχτηκε επίσης μονοπάτι που κάνει την πρόσβαση στην ακρόπολη ευκολότερη, όχι μόνο στην ανασκαφική ομάδα, αλλά και σε όσους επιθυμούν να επισκεφθούν το χώρο.

Καθαρισμός έγινε και σε ένα τμήμα της νεκρόπολης που εκτείνεται από την ΒΑ κλιτύ του λόφου της Κυμισάλας μέχρι και τους ΝΔ πρόποδες του λόφου του Αγ. Φωκά, στη θέση Σκαλί, όπου το 1969 είχε εντοπιστεί ένα μεγάλο ταφικό μνημείο, σήμερα δυστυχώς έντονα διαταραγμένο και κατεστραμμένο από την αρχαιοκαπηλική ματαιοδοξία. Από μια πρώτη αυτοψία εντοπίστηκαν περισσότεροι από 150 συλημένοι τάφοι.

Οι έρευνες που πραγματοποιήθηκαν κατά την πρώτη αυτή ανασκαφική περίοδο έδωσαν μια πρώτη εικόνα του μεγέθους, της έκτασης και της διάταξης του νεκροταφείου, ενώ οι πρώτες ενδείξεις για το χρονολογικό φάσμα που αυτό καλύπτει, προέκυψαν από την ενδελεχή ανασκαφική έρευνα τριών από τους δεκάδες συλημένους τάφους της κλασικής-ελληνιστικής νεκρόπολης.

Μετά την ολοκλήρωση της αποτύπωσης των αρχαιοτήτων στο λόφο του Αγίου Φωκά (τομέας 1) και στη νεκρόπολη (τομέας 2) -και όχι πριν το έτος 2008- προβλέπεται να ακολουθήσει ο καθαρισμός και η τοπογραφική και αρχιτεκτονική αποτύπωση των ερειπίων στο χαμηλό λόφο στη θέση Βασιλικά, όπου σώζεται σημαντικός οικιστικός πυρήνας, ενέργειες που θεωρούνται απαραίτητες προκειμένου να ξεκινήσει, μελλοντικά η συστηματική ανασκαφή του χώρου. Μια συστηματική έρευνα, στο εγγύς μέλλον και στη θέση αυτή, θα αποσαφηνίσει τον χαρακτήρα και την χρονολογία των αρχαίων λειψάνων και θα δώσει πληροφορίες ιδιαίτερα σημαντικές για τον οικιστικό ιστό και την καθημερινή ζωή στην ύπαιθρο της ελληνιστικής Ρόδου.

Την ομάδα εργασίας για την ανασκαφική περίοδο 2006 απάρτισαν οι:

Κωνσταντίνος Καλογερόπουλος, ΜΑ in Cultural Anthropology, MΑ in Archaeology and Heritage, υποψήφιος διδάκτορας Αρχαιολογικής Θεωρίας και Ψηφιοποίησης Αρχαιολογικών Δεδομένων, Παν/μίου Αιγαίου.
Λαμπρινή Μπούζα, μεταπτυχιακή φοιτήτρια αρχαιολογίας Παν/μίου Θεσσαλίας.
Αθηνά Λιόλιου, μεταπτυχιακή φοιτήτρια αρχαιολογίας Παν/μίου Κρήτης.
Θωμαΐς Βεργωτή, πτυχιούχος αρχαιολογίας Αριστοτελείου Παν/μίου Θεσσαλονίκης.
Ανδρέας Κουλιούμπας, τεταρτοετής φοιτητής αρχαιολογίας Παν/μίου Αιγαίου.
Βαλασία Στρατή, τριτοετής φοιτήτρια αρχαιολογίας Παν/μίου Αιγαίου.
Μαρία Τσαμούρη, τριτοετής φοιτήτρια αρχαιολογίας Παν/μίου Αιγαίου.
Γιώργος Παπαδόπουλος, τριτοετής φοιτητής αρχαιολογίας Παν/μίου Αιγαίου.
Μαρία Αχιολά, τριτοετής φοιτήτρια αρχαιολογίας Παν/μίου Αιγαίου.
Ειρήνη Χρυσανθακοπούλου, δευτεροετής φοιτήτρια Παν/μίου Αιγαίου.
Τζούλια Πετράκη, δευτεροετής φοιτήτρια Παν/μίου Αιγαίου.
Θεόφιλος Γρηγοράτος, ειδικευμένος τεχνίτης, ΚΒ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων Δωδεκανήσου, Ρόδος.
Γιάννης Κουρδουνάκης ανειδίκευτος τεχνίτης, Δήμος Αταβύρου
Κυριάκος Πελαρδής ανειδίκευτος τεχνίτης, Δήμος Αταβύρου